根据《中华人民共和国合同法》的有关规定,甲公司与乙公司签订一份买卖钢材的合同,约定甲公司应在合同生效后15日内向卖方乙公司支付50%的预付款,乙公司收到预付款后5日内发货至甲公司,后者收到货物验收后即结清余款。乙公司收到甲公司50%预付款后3日内即发货至甲公司。但甲公司认为钢材质量不符合合同约定,遂及时通知乙公司并拒绝支付余款。根据《中华人民共和国中华人民共和国合同法》规定,甲公司拒绝支付余款是不合法的。